Muchas veces, por costumbre o desconocimiento, trabajamos con un número limitado de programas. Estos programas normalmente son pagos y su uso esta (o estaría) restringido a las computadoras que tienen la licencia adecuada (previo pago de la tarifa). Un ejemplo de estos son Microsoft office, Adobe Photoshop y Lasegene entre otros.
El abuso de la piratería nos hizo pensar que estos programas son gratuitos y que su uso es casi obligatorio para nuestras tareas. Esta situación pone en desventaja a "otros programas" de dominio público, realmente gratuitos, que aunque no tengan la "calidad" de sus hermanos mayores (discutible), cubren perfectamente nuestras necesidades de trabajo.
La lista que quiero compartir, corresponde a los programas que uso para mi labor científica. No es absoluta, ya que existen infinidad de programas libres para un sinnúmero de utilidades.
Si alguien conoce otros programas que merezcan estar en la lista, favor de compartirlo a todos.
Sistema operativo
Nombre: Ubuntu Linux
Sitio web: https://ubuntu.com/
Reemplaza a: Windows
Ubuntu es una de las más populares distribuciones de Linux existentes a la fecha. Su interfaz gráfica es muy intuitiva.
Linux (o GNU-Linux) es un sistema operativo libre y de código abierto, muy estable y seguro. Puede instalarse en cualquier computadora, usa menos recursos que Windows y es muy poco vulnerable a ataques informáticos.
Todos los programas a continuación, pueden usarse tanto en Windows como en Linux.
Edición de Imágenes
Nombre: Imagej
Imajej, es un programa de procesamiento de imagen digital de dominio público desarrollado por el NIH. Tiene un sin fin de aplicaciones para el análisis de imágenes de microscopia e inmunoblots entre otras que nunca usé. Puede manejar imágenes de 24 bits que son tomadas por algunas cámaras de microscopios con-focal y que no se abren con programas de imagen regulares
Sitio web: https://imagej.nih.gov/ij/
Nombre: Gimp (GNU Image Manipulation Program)
Sitio web: https://www.gimp.org/
Gimp, es un excelente editor de imágenes muy fácil de usar.
Reemplaza a: Adobe Photoshop.
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Nombre: InkScape
Sitio web: http://inkscape.org/index.php?lang=es
Inkscape es un editor de gráficos vectoriales. Muy útil para el diseño de figuras para pepers, posters y diapositivas.
Reemplaza a: Corel Designer, Corel Ilustrator.
Programas de Oficina
Nombre: LibreOffice
Sitio web: https://www.libreoffice.org/
LibreOffice es una suite ofimática libre y de código abierto desarrollada por The Document Foundation.
Cuenta con un procesador de texto (Writer), un editor de hojas de cálculo (Calc), un gestor de presentaciones (Impress), un gestor de bases de datos (Base), un editor de gráficos vectoriales (Draw) y un editor de fórmulas matemáticas (Math).
Reemplaza a: Está diseñada para ser compatible con las principales suites ofimáticas, incluyendo Microsoft Office, aunque algunas características de diseño y atributos de formato son manejados de forma diferente o no están soportados. A diferencia de Microsoft Office, sus documentos son compatibles con los creados con versiones anteriores del mismo programa.
Nombre: Mendeley
Sitio web: https://www.mendeley.com/
Mendeley es una aplicación web y de escritorio, propietaria y gratuita. Permite gestionar y compartir referencias bibliográficas y documentos de investigación, encontrar nuevas referencias y documentos y colaborar en línea. Puede integrarse a LibreOffice y a MS-Word y para gestionar nuestras referencias.
Reemplaza a: EndNote
Análisis de secuencias
Nombre: CLC Sequence Viewer
CLC no es precisamente un programa libre, pero esta versión gratuita posee muchas de los análisis básicos de secuencia que se hacen regularmente, como análisis de restricción, obtener cadena complementaria, alineamiento , traducción de proteínas, búsqueda de ORF etc.
Reemplaza a: Vector NTI
Nombre: pDRAW32
Sitio web: http://www.acaclone.com/
pDRAW32, es un programa de manipulación de secuencias que entre sus virtudes tiene la posibilidad de simular electroforesis de ADN luego de digestiones con enzimas de restricción y de simular la formación de construcciones mediante digestión con enzimas de restricción y ligación.
Nombre: FinchTV
Sitio web: https://digitalworldbiology.com/FinchTV
FinchTV, es un sencillo visualizador de electroferogramas de secuencia. Puede analizar la cadena directa o su reversa complementaria a su vez puede extraer la secuencia directamente de los archivos *.ab1
Nombre: UGENE
Sitio web: http://ugene.net/
Ugene es una plataforma libre de análisis bioinformático. Puede analizar secuencias de manera local o en bases de datos mediante conexión a internet. También puede analizar estructuras de macro-moleculas y/o proteínas.
Reemplaza a: LaserGene
Nombre: UCSF Quimera
Sitio web: https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/
Es un programa para análisis de cristales de proteínas, tiene muchas funciones útiles como la detección de cargas y de sitios hidrofóbicos.
Nombre: Pymol
Sitio web: https://pymol.org/2/
Al igual que el anterior, pymol es un programa para análisis de cristales de proteínas. Su uso es gratuito para fines académicos.
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